Historia Czerwonego Klasztoru sięga XIV wieku. Przypuszcza się jednak, że w dolinie Świętego Antoniego (dolinie w której położony jest obecnie klasztor), juz o wiele wcześniej istniał starszy obiekt należący do zgrupowania benedyktynów - eremitów, którzy uprawiali kult Świętego Antoniego Pustelnika. Fakt ten potwierdzają używane do tej pory, nazwy geograficzne, np. takie jak Mnichy.
Krakowscy mieszkanie na utrzymanie klasztoru przeznaczyli połowę wsi Rychwałd. Zamieszkany był początkowo przez mnichów z zakonu kartuzów (posiadali również klasztor w Kláštorisku), a później kamedułów. Zakonnicy byli utrzymywani przez podatki pochodzące z 10 wsi. Rozbudowywali oni obiekt i wznosili dalsze budowle: domki–pustelnie, szpital, aptekę, zajazd dla podróżnych i wieżę kościoła. W latach 1431–1433 klasztor był łupiony przez husytów.
Zakon działał do lat 80. XVIII, kiedy został skasowany przez cesarza Józefa II. Dobra zakonu zostały rozdysponowane wśród kilkuset rodzin niemieckich kolonistów, którzy w tym czasie przybyli do pobliskich Dolnych Lechnic (Unterlechnitz), wówczas też upowszechniła się niemiecka nazwa Rotes Kloster (węg. Vöröskolostor). Jadwiga Łuszczewska (Deotyma) zwiedzająca w 1860 klasztor zastała go zrujnowanym, ale kościół był zadbany. Po pożarze w 1907, w wyniku którego zniszczone zostały dachy i zawaliła się wieża kościoła, klasztor przeszedł na własność węgierskiego ministerstwa rolnictwa. W 1934 preszowski oddział KCST wydzierżawił go na 50 lat i przeprowadził prowizoryczny remont, w latach 1952–1968 przeprowadzono remont generalny, a cały obiekt został uznany za narodowy pomnik kultury.
Brat Cyprian
Brat Cyprian przybył do Czerwonego Klasztoru, znajdującego się u podnóża Pienin, ok. 1756. Wcześniej ukończył studia medyczne we Wrocławiu. W Czerwonym Klasztorze pełnił różnorakie funkcje – oprócz swoich klasztornych zajęć malował i wyrabiał zwierciadła, a także najprawdopodobniej zajmował się alchemią. Z zamiłowania był botanikiem, czego owocem jest najstarszy zachowany zielnik opisujący rośliny tatrzańskie i pienińskie, zawierający łącznie ok. 283 okazy (z czego 63 okazy roślin tatrzańskich). Zielnik ten w późniejszych latach stał się własnością Muzeum Karpackiego w Popradzie, następnie Muzeum TANAP-u w Tatrzańskiej Łomnicy, a obecnie znajduje się on w zbiorach Muzeum Narodowego w Bratysławie.
Kolekcjonując rośliny do zielnika, brat Cyprian dość dobrze poznał wschodnią część Tatr Wysokich i Tatry Bielskie. Był m.in. nad Żabim Stawem Jaworowym w górnej części Doliny Jaworowej, nad Czarnym Stawem Jaworowym w Dolinie Czarnej Jaworowej, na wierzchołku Hawrania w Tatrach Bielskich, na Szerokiej Przełęczy Bielskiej i Przełęczy pod Kopą. Równie dobrze znał Pieniny i ich okolice.
Według legend był także mechanikiem i skonstruował skrzydła, dzięki którym mógł wzbijać się w powietrze. Legendy podają, że dzięki tym skrzydłom sfrunął z wierzchołka Trzech Koron na dziedziniec Czerwonego Klasztoru. Inne wersje mówią, że z wierzchołka Trzech Koron doleciał aż nad Morskie Oko. Przeciwko prawdziwości tych legend przemawia (oprócz praw fizyki) brak jakichkolwiek wzmianek o tych rzekomych dokonaniach mnicha w kronikach i innych zapiskach zakonu kamedułów. Zbeletryzowaną wersję tych opowieści przedstawił Jan Wiktor w powieści Skrzydlaty Mnich (1947) i opowiadaniu Zapomniany lotnik (1937). W 2008 roku w koprodukcji czterech państw (Czechy, Polska, Słowacja, Węgry) został nakręcony film nawiązujący do legendy o bracie Cyprianie pod tytułem Latający Cyprian (słow. Lietajuci Cyprian). Premiera filmu jest planowana na luty 2010.
